Leistungsangebot des NRZ für Staphylokokken und Enterokokken

• Leistungsverzeichnis der Verfahren im flexiblen Akkreditierungsbereich gemäß DIN EN 15189, DIN EN 17025 (PDF, 198 KB, Datei ist nicht barrierefrei)
• Beratung zu Fragen der Diagnostik, der epidemiologischen Analyse, der pathogenetischen Relevanz eingesandter Isolate sowie zur Interpretation der Ergebnisse der Resistenzbestimmung.
• Bestätigung von Speziesdiagnostik und Empfindlichkeitsprüfung für Staphylokokken und Enterokokken in Fällen widersprüchlicher oder unklarer Ergebnisse im Laboratorium des Einsenders.
• Aufklärung von Infektketten innerhalb (nosokomiale Infektionen) und außerhalb von Einrichtungen des Gesundheitssystems.
• Führen einer Stammsammlung von Staphylokokken- und Enterokokkenspezies und insbesondere von Stämmen mit wichtigen Virulenz- und Resistenzeigenschaften; Abgabe von Referenzstämmen auf Anfrage.

Staphylokokken

• Phänotypische und genotypische Identifizierung und Charakterisierung von Staphylokokkenisolaten
• Prüfung der Antibiotikaempfindlichkeit durch Ermittlung der Minimalen Hemmstoffkonzentration (MHK) nach EUCAST (http://www.eucast.org/);
  folgende Antibiotika werden geprüft: Penicillin (BEN); Oxacillin (OXA); Fosfomycin (FOS); Gentamicin (GEN); Linezolid (LIN); Erythromycin (ERY); Clindamycin (CLI); Tetracyclin (TET); Tigecyclin (TIG); Vancomycin (VAN); Teicoplanin (TEI); Ciprofloxacin (CIP); Trimethoprim/Sulfamethoxazol (TRS); Fusidinsäure (FUS); Rifampicin (RIF); Mupirocin (MUP); Moxifloxacin (MOX); Daptomycin (DAP); Cefoxitin (CXI). Die Auswertung erfolgt nach klinischen Grenzwerten bzw. ECOFF nach EUCAST
• spa-Typisierung (Harmsen et al., 2003)
• Multilocus-Sequenz-Typisierung (Enright et al., 2000)
• Typisierung der SCCmec-Kassette (SCCmec-Typen I bis V und Subtypen; Witte et al., 2005; Boye et al., 2007; Kondo et al., 2007)
• SmaI-Makrorestriktionsanalyse entsprechend international standardisierter Protokolle (Murchan et al., 2003), insbesondere für KNS.
• PCR-basierte Detektion wichtiger Virulenz- und Resistenzdeterminanten
• Phänotypischer und genotypischer Nachweis des Toxinbildungsvermögens
• Für ausgesuchte Stammsammlungen nach Sichtung der Standard-Typisier-Ergebnisse und in Absprache mit dem Einsender: NGS und ggf. cgMLST (begrenzte Ressourcen), siehe FAQ zu Genomsequenzierung (PDF, 85 KB, Datei ist nicht barrierefrei)
• Für Staphylokokken werden routinemäßig folgende Untersuchungen für jedes eingesandte Isolat durchgeführt: phänotypische Untersuchungen: Speziesidentifikation, Antibiotika-Empfindlichkeitsprüfung; genotypische Untersuchungen: DNA-Präparation, Nachweis mecA-Gen, spa-Typisierung (nicht für KNS).
• Der abschließende Bericht beinhaltet neben dem spa-Typ den Resistenzphänotyp, ggf. nachzuweisende Resistenz- und Virulenz-assoziierte Gene, sowie mittels Latex-Agglutinationstest nachgewiesene Superantigene. Ausgehend vom spa-Typ werden die Isolate sogenannten klonalen Komplexen (entsprechend der MLST/eBURST, https://pubmlst.org/saureus/) zugeordnet. Im Falle des Auftretens von spa-Typen, für die bisher keine bekannte Assoziation mit bestimmten klonalen Komplexen besteht, erfolgt hierzu ggf. eine BURP-Cluster-Analyse bzw. eine MLST, siehe: Typisiervergleich bei S. aureus: spa-MLST-PFGE (PDF, 131 KB, Datei ist nicht barrierefrei).

Enterokokken

• Genotypische Identifizierung und Charakterisierung von Enterokokkenisolaten
• Prüfung der Antibiotikaempfindlichkeit durch Ermittlung der Minimalen Hemmstoffkonzentration (MHK) nach DIN 58940 bzw. EUCAST;
  folgende Antibiotika werden geprüft: Penicillin (BEN); Ampicillin (AMP); Gentamicin (GEN); Streptomycin (STR); Vancomycin (VAN); Teicoplanin (TEI); Daptomycin (DAP); Clindamycin (CLI); Erythromycin (ERY); Ciprofloxacin (CIP); Moxifloxacin (MOX); Linezolid (LIN); Tetrayclin (TET); Tigecyclin (TIG); Rifampicin (RIF); Trimethoprim/Sulfonamethoxazol (TRS); Chloramphenicol (CMP); Mupirocin (MUP). Die Auswertung erfolgt nach klinischen Grenzwerten bzw. ECOFF nach EUCAST
• PCR-basierte Detektion wichtiger Resistenzdeterminanten
• SmaI-Makrorestriktionsanalyse entsprechend international standardisierter Protokolle in Ausnahmefällen. Hinweise zur PFGE-Typisierung (siehe auch: Bearbeitung von VRE-/Enterokokken-Isolaten im NRZ für Staphylokokken und Enterokokken (PDF, 257 KB, Datei ist nicht barrierefrei)): Bei Verdacht auf Häufungen von Besiedlungen und Infektionen mit, vor allem Vancomycin-resistenten, Enterokokken erfolgt bislang die Typisierung mittels SmaI-Makrorestriktionsanalyse in der PFGE. Die Methode ist vergleichsweise aufwändig. Alternative Typisiermethoden wie MLVA, MLST, Ribotyping oder PCR-Typisierung sind weniger diskriminierend und erlauben keine gesicherten Aussagen. Als Alternative steht die Genomsequenzierung mit nachfolgender cgMLST zur Verfügung, deren Durchführung allerdings ausgesprochen kostenintensiv ist und daher nur bei begründetem Interesse in Absprache mit dem Einsender durchgeführt werden kann.
• Multilocus-Sequenz-Typisierung (MLST; Homann et al., 2002)
• Für ausgesuchte Stammsammlungen nach Sichtung der Standard-Typisierergebnisse und in Absprache mit dem Einsender: NGS und ggf. cgMLST (begrenzte Ressourcen), siehe FAQ zu Genomsequenzierung (PDF, 85 KB, Datei ist nicht barrierefrei)
• Für Enterokokken werden routinemäßig folgende Untersuchungen für jedes eingesandte Isolat durchgeführt (siehe auch Berichtsbogen Enterokokken (PDF, 103 KB, Datei ist nicht barrierefrei)): phänotypische Untersuchungen: Empfindlichkeitsprüfung; genotypische Untersuchungen: DNA-Präparation, PCR bzw. Multiplex-PCR zur Speziesidentifikation und zum Nachweis einzelner und Resistenzgene (van-Gene).

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