EU Projekt COMPARE (2013-2019)

COMPARE ist ein internationaler, interdisziplinärer Forschungsverbund, finanziert von der Europäischen Kommission. In COMPARE arbeiten Vertreter von Behörden, Universitäten, Forschungseinrichtungen und Public Health Instituten an innovativen Ansätzen und neuen Verfahren zur molekularen Erregersurveillance von wichtigen Pathogenen. Insgesamt 5 Organisationseinheiten des RKI sind in COMPARE beteiligt (FG11, FG13, FG35, FG37, ZBS1). FG13 ist in zwei Teilvorhaben eingebunden (Workpackages 3 und 6). In beiden WPs geht es um angewandte Aspekte der Einbindung von NGS-Techniken und bioinformatischen Verfahren zur Auswertung von Genomsequenzen bei Hospitalerregern (MRSA, VRE, ESBL, CPE). Die Entwicklung von Standardschemata der Datengewinnung, -validierung und –auswertung für die verschiedenen Erreger steht hier im Mittelpunkt. Neben der ausgiebigen Testung und Validierung verschiedener Sequenziertechnologien, verschiedener Auswerteverfahren und –strategien (Referenz-basiertes Mapping; de novo Assembly) in Abhängigkeit von der jeweiligen Fragestellung geht es um die Ableitung einer generellen Strategie und Vorgehensweise beim Aufbau und der internationalen Nutzung einer NGS-basierten Erregersurveillance (u.a. einheitliche Technologien, Auswerteverfahren und Nomenklatur). Verschiedene Verfahren und Strategien zur Ableitung wichtiger diagnostischer Marker aus NGS-Datensätzen werden hierbei untersucht. Dabei werden existierende Tools überprüft und ggfs neue entworfen bzw. modifiziert und angepasst. Der spezielle Fokus in FG13 liegt in der Standardisierung der Ableitung (diagnostisch) wichtiger Merkmale aus komplexen Genomdaten mit dem speziellen Fokus auf das Accessory Genom (mobile genetische Elemente: ICE/Transposons, Pathogenitätsinseln, Plasmide, etc.).

Leitung: Prof. Dr. Guido Werner; Tel. +49(0)30 18754-4210
Ansprechpartner: Dr. Stephan Fuchs; Tel. +49(0)30 18754-4338

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