Die STIKO empfiehlt keine Impfstoffe, sondern die Durchführung von Schutzimpfungen gegen impfpräventable Krankheiten bei bestimmten Indikationen. Die Empfehlungen der STIKO entfalten keine unmittelbare rechtliche Wirkung. Die obersten Landesgesundheitsbehörden entscheiden jedoch gemäß § 20 Abs. 3 IfSG auf der Grundlage der Empfehlungen der STIKO über ihre öffentlichen Empfehlungen, die u.a. für das soziale Entschädigungsrecht in § 60 IfSG relevant sind. Wegen ihres fachlichen Stellenwertes sind die Empfehlungen ferner gemäß § 20i Abs. 1 des Fünften Buches Sozialgesetzbuch (SGB V) Grundlage für Richtlinien des Gemeinsamen Bundesausschusses, in denen die Einzelheiten zu Voraussetzungen, Art und Umfang von Schutzimpfungen als Pflichtleistung der gesetzlichen Krankenversicherung bestimmt werden.

Die Empfehlungen werden nach dem Stand der Wissenschaft insbesondere auf der Grundlage von Informationen zu Wirksamkeit und Verträglichkeit und unter Einbeziehung der epidemiologischen Nutzen-Risiko-Abwägung entwickelt und fortgeschrieben. Empfehlungen gibt die STIKO grundsätzlich nur dann, wenn in Deutschland für die entsprechende Indikation Impfstoffe oder Mittel zur spezifischen Prophylaxe zugelassen sind.

Die Empfehlungen der STIKO werden in der Regel einmal jährlich im Epidemiologischen Bulletin des RKI und auf den Internetseiten des RKI veröffentlicht. Seit 2004 werden ausführliche Begründungen der Empfehlungen publiziert.

Die Internetseiten zu den Empfehlungen der STIKO beinhalten die aktuellen Empfehlungen und das Archiv mit den Empfehlungen aus den Vorjahren. Bei den aktuellen Empfehlungen wird der Impfkalender für Säuglinge, Kinder, Jugendliche und Erwachsene, der Teil der Empfehlungen der STIKO ist, als eigene Datei veröffentlicht. Dies soll der raschen Information dienen. Dokumente zur Erläuterungen der aktuellen Empfehlungen werden ebenfalls an dieser Stelle veröffentlicht.

Weitere Äußerungen der STIKO zu einzelnen Impfungen sind unter den Rubriken „Begründungen“ und „Weitere Mitteilungen“ zu finden. Unter "FAQ" (Antworten auf häufig gestellte Fragen) werden vom Robert Koch-Institut allgemeine Themen zum Impfen und Fragen zu einzelnen Impfungen aufgegriffen. Die FAQs fassen häufige Fragen von Bürgern und Ärzten zusammen, die vom Robert Koch-Institut beantwortet worden sind. Die Veröffentlichung der Antworten soll dazu dienen, eine breite Information über die verschiedenen Aspekte von Impfungen für Bürger und Fachöffentlichkeit zur Verfügung zu stellen. Es handelt sich nicht um die von der STIKO veröffentlichten Empfehlungen.