Vorbemerkung: Die im folgenden beschriebenen Kriterien und Indikatoren sind auf die aktuelle epidemiologische Situation bezogen, insbesondere hinsichtlich der Verbreitung der besorgniserregenden Varianten (Variant of Concern; VOC ) und unter Beobachtung stehenden Varianten (Variant of Interest; VOI). Aktualisierungen und Anpassungen bei Veränderungen des Infektionsgeschehens sind voraussichtlich nicht vermeidbar.

1. Vollgenomsequenzierung zufällig ausgewählter Proben (Stichprobe)

Die Auswahl der nach der CorSurV zur Sequenzierung einzusendenden Proben soll durch das untersuchende Labor zufällig und nach dem folgenden empfohlenen Schema erfolgen. Hierzu sollten:

1. alle in der jeweiligen Woche sequenzierten Proben mit Ct-Wert ≤ 25 in einer Liste aufgeführt und durchgehend nummeriert werden,
2. anschließend aus dieser Liste randomisiert Nummern gezogen werden, bis eine Anzahl entsprechend der aktuellen/jeweiligen 7-Tagesindzidenz und den Vorgaben gemäß § 2 Abs. 1 Satz 4 CorSurV, der in diesem Labor in der vorausgegangenen Kalenderwoche als SARS-CoV-2 positiv getesteten Proben, erreicht ist.

2. Epidemiologischer Anlass für die Vollgenomsequenzierung auf Veranlassung der Gesundheitsämter (Verdachtsproben)

Die nachfolgend beschriebenen klinisch-epidemiologischen Indikatoren in Verbindung mit Hinweisen auf eine Exposition gegenüber neuartigen/unbekannten und möglichweise oder bekannterweise besorgniserregenden Varianten von SARS-CoV-2 begründen die weitergehende Analyse durch Gesamtgenomsequenzierung:

• unerwartete Krankheitsschwere oder unerwarteter klinischer Verlauf,
• vermutete zoonotische Infektion,
• symptomatischer Krankheitsverlauf und Reiseanamnese (Reisen, insbesondere aus Ländern mit hohem Infektionsgeschehen unklarer Ursache und Risikogebiete im Sinne von § 2 Nr. 17 Infektionsschutzgesetz),
• Aufklärung eines komplexen Infektionsgeschehens (z.B. unerwartete Übertragungsmodi oder -muster),
• ungewöhnliches Ausbruchsgeschehen (z.B. sehr starke Zunahme der Fallzahlen innerhalb eines kurzen Zeitraums im Vergleich zum bisherigen Infektionsgeschehen).