Mit der Labormeldung/Nachmeldung über DEMIS muss die demis_transaction_id (ehemals IMS-ID) auch dem Gesundheitsamt übermittelt werden. Nur so ist eine Verknüpfung der Falldaten mit den Sequenzdaten im RKI möglich. Für die technische Implementierung einer automatischen Übermittlung der demis_transaction_id (ehemals IMS-ID) aus dem Laborinformationssystem/der Labordatenbank über DEMIS ist eine detaillierte Beschreibung im Wiki von DEMIS zu finden. Es ist dafür eine Anpassung des im Labor verwendeten Informationssystems notwendig, damit die demis_transaction_id (ehemals IMS-ID) über das Datenfeld "demis_transaction_id“ in DEMIS übermittelt wird. Für weitere Fragen zu diesem Implementierungsprozess wenden Sie sich bitte an das DEMIS-Team unter demis [at ] rki.de.

Stand: 18.02.2021

Die Meldung über das Ergebnis der Sequenzierung und damit auch die demis_transaction_id (ehemals IMS-ID) an das Gesundheitsamt liegt in der Verantwortung des sequenzierenden Labors.

Stand: 18.02.2021

Jedes Labor, welches eine (auch erweiterte) Diagnostik zu SARS-CoV-2 durchführt, ist nach IfSG seit dem 01.01.2021 verpflichtet, die Ergebnisse dem zuständigen Gesundheitsamt über DEMIS zu übermitteln. Damit ist auch die Untersuchungsstelle/das sequenzierende Labor verpflichtet eine Labormeldung bzw. Nachmeldung über DEMIS zu veranlassen. Dabei werden neben den Angaben zur betroffenen Person/zum Fall (z.B. Vor- und Nachname) zur Zuordnung der Meldung aus dem Labor im Gesundheitsamt auch die Sequenzierungsergebnisse (z.B. Vorliegen einer bestimmten Mutation) und die demis_transaction_id (ehemals IMS-ID) übermittelt. Die (rekonstruierten) Sequenzdaten werden nicht über DEMIS übermittelt, sondern über DESH.

Stand: 18.02.2021

Bitte wenden Sie sich hierfür an die DEMIS-Geschäftsstelle, um eine Registrierung vorzunehmen und eine Demis Labor-ID zu erhalten.

Stand: 18.01.2021

Diese Angaben werden über den etablierten Meldeweg via DEMIS dem ÖGD übermittelt. Dabei stehen aktuell in DEMIS Freitextfelder für entsprechende Daten zur Verfügung. Damit beantwortet das diagnostisch tätige Labor die Anforderungen der Meldung nach § 9 des IfSG Absatz (2) 1., vor allem zu den Punkten h) und i). Für Fragen zu diesem Prozess, wenden Sie sich bitte an demis [at] rki.de.

Stand: 18.02.2021

Sequenzierende Labore übermitteln ausschließlich vollständig rekonstruierte Sequenzdaten von SARS-CoV-2. Sequenzdaten vorheriger Verarbeitungsschritte und Qualitätsinformationen werden nicht mit übermittelt.

Stand: 21.01.2021

Nein, es werden Vollgenom-Sequenzdaten übermittelt.

Stand: 21.01.2021

Das RKI hat Qualitätsvorgaben für die Sequenzdaten (8.2.2021) (PDF, 156 KB, Datei ist nicht barrierefrei) veröffentlicht.

Stand: 01.02.2021

Bitte übermitteln Sie ausschließlich „masked“ FASTA-Dateien, in denen fehlende Werte durch ein „N“ ersetzt werden.

Stand: 28.01.2021

Bitte wählen Sie Proben anhand der in der RKI-Handlungsempfehlung angegebenen Kriterien aus.

Stand: 28.01.2021

Sequenzierende Labore sind verpflichtet, die Daten aller neuen SARS-CoV-2-Sequenzierungen dem RKI zu übermitteln. Daher prüft das RKI nicht, ob bei der Übermittlung bereits mehr als 5% bzw. 10% der PCR-positiven Proben einbezogen wurden. Die Nachprüfung wird zwischen Kassenärztlichen Vereinigungen und dem sequenzierenden (bzw. einsendendem) Labor vorgenommen.

Stand: 28.01.2021

Es ist ausdrücklich gewünscht, dass die Daten durch das RKI der Fachöffentlichkeit zur Verfügung gestellt werden. Die Daten werden in den Repositorien ENA und GISAID zur Verfügung gestellt. Um den Laboren eine Möglichkeit zur Identifizierung ihrer gesendeten Sequenzdaten auch im Anschluss zu ermöglichen, wird es in Phase 2 einen Public Key für jede Probe geben, die ihnen als sequenzierendes Labor das Auffinden ihrer Daten in diesen Repositorien ermöglicht.

Stand: 18.01.2021

Die genannten Systeme und weitere wurden rechtlich auf eine Eignung geprüft. Da es sich um eine gesetzliche Verordnung handelt, kann die Verarbeitungsverantwortung nicht auf einen Verein oder eine Firma im In- oder Ausland übertragen werden. Die Verarbeitung muss aus öffentlicher Hand erfolgen. Die Übertragung an das Robert Koch-Institut erfolgt darüber hinaus aus inhaltlichen Gründen. Nur im Robert Koch-Institut ist eine Integrierte Molekulare Surveillance (IMS) für das gesamte Bundesgebiet möglich, da nur dort die über das Deutsche Elektronische Melde- und Informationssystem für den Infektionsschutz (DEMIS) gemeldeten epidemiologischen und sonstigen Labordaten mit den eingesendeten Sequenzdaten verknüpft werden können.

Stand: 18.01.2021

Der Verordnung entsprechend müssen die Sequenzdaten spätestens 10 Werktage nach Durchführung der PCR übermittelt werden. Wurde die PCR in einem anderen Labor durchgeführt und dann die Probe an ein sequenzierendes Labor übersandt, ist eine Datenübermittlung ans RKI innerhalb von 10 Werktage nach Erhalt der Probe im sequenzierenden Labor verpflichtend.

Stand: 24.06.2021

Es wird dauerhaft eine webbasierte Lösung zum Sequenzdatentransfer für alle Labore angeboten werden.

Stand: 18.02.2021

Zurzeit ist die Schnittstelle im Entwicklungsprozess. Bitte wenden Sie sich an desh [at] rki.de, falls Sie Interesse haben, als Ansprechpartner*in für die Entwicklung mitzuwirken. Sobald Spezifikationen für die Schnittstelle zur Verfügung stehen, werden wir darüber informieren.

Stand: 18.02.2021

Firefox ab Version 77

Chrome ab Version 86

Stand: 07.10.2021

Ein Nutzer kann Sequenzdaten zentral für mehrere Labore einreichen. Zur Freischaltung des Nutzers übermitteln Sie bitte an desh [at] RKI.de folgende Daten:

1. Laborname über den des Nutzers registriert wurde
2. DEMIS_ID
3. Kontaktdaten des Nutzers
   i. Anrede
   ii. Vorname
   iii. Nachname
   iv. E-Mail-Adresse
   v. Handytelefonnummer (SMS-Empfang muss vorhanden sein!)

Daneben übermitteln Sie bitte die DEMIS_IDs der Labore, die für den Nutzer freigeschaltet werden sollen.

Stand: 02.07.2021

Weitere Nutzers werden für das Verfahren DESH wie folgt angelegt:

1. Der IT-Ansprechpartner des Labors wendet sich an desh [at] rki.de mit der Änderung (Nutzer neu). Dabei sind folgende Daten des neuen Nutzers zu nennen:
   a. Laborname
   b. DEMIS_ID
   c. Kontaktdaten des neuen Nutzers
   i. Anrede
   ii. Vorname
   iii. Nachname
   iv. E-Mail-Adresse
   v. Handytelefonnummer (SMS-Empfang muss vorhanden sein!)
2. Der neue Nutzer erhält einen Zugang zum Service-Portal der Bundesdruckerei
3. Der IT-Ansprechpartner des Labors stellt dem neuen Nutzer das Zertifikat zur Verfügung.

Der Nutzer kann nun Daten hochladen.

Stand: 15.03.2022

Um Irritationen zu vermeiden, können Sie im Befund eine kurze Erklärung abgeben, dass die Rückmeldung aufgrund einer zufälligen Auswahl im Rahmen der aktuell notwendigen bevölkerungsweiten Überwachung von SARS-CoV-2-Mutationen erfolgt ist.

Stand: 28.01.2021

Alle Sequenzen, die an DESH übermittelt werden, sind für den Upload vorgesehen. Diese Uploads finden seit dem 03.03.2021 statt. Voraussetzung für eine Veröffentlichung ist jedoch, dass die Sequenzen zusätzlichen internen Qualitätssicherungsmaßnahmen standhalten. Diese übersteigen in Teilen die Prüfungen an den DESH Interfaces. Liegt beispielswiese ein Frameshift vor, wurden die Sequenzen von GISAID bisher nicht angenommen. Eine Veröffentlichung mit Vermerk "Frameshift = unconfirmed" ist angestrebt.
Daneben sind alle über DESH eingelieferten Daten unabhängig von ihrer Qualität auf GitHub abgelegt (vgl. https://github.com/robert-koch-institut/SARS-CoV-2-Sequenzdaten_aus_Deutschland).

Stand: 09.09.2021

Probenentnahmedatum, Region (aus Postleitzahl des Diagnostiklabors), Probenentnahmestrategie (Stichprobe, Verdacht, ...), Sequenzierungstechnik (ILLUMINA, ION_TORRENT, ...) und Probentyp (s001, s002) werden zur Sequenz übermittelt. Falldaten, wie Geschlecht und Alter werden nicht übermittelt bzw. auf "unknown" gesetzt.

Stand: 09.09.2021

Labore können die von ihnen stammenden Sequenzen in GISAID über die demis_transaction_id (/ IMS_ID ) finden und downloaden. Dazu verwenden sie bitte die Suchfunktion "sample ID given by the originating lab".

Stand: 09.09.2021

"Originating Lab" ist das Labor in dem die Sequenz erzeugt wurde (z.B. LMU, LADR oder andere). "Submitting Lab" ist das RKI, da es die Sequenzen hochlädt. "Submitter" ist die Person, die dem RKI als Ansprechpartner*in für die Sequenzen des Labors benannt wurde oder ein Standardnutzer des RKI, wenn keine Ansprechperson benannt wurde.
Der Submitter des Labors wird auch zu bereits erfolgten Uploads nachgetragen.

Stand: 09.09.2021